Estratégias in silico para predição estrutural de proteínas em abordagens de genômica subtrativa na busca por novos fármacos: uma revisão

Introdução

A Bioinformática apresenta ferramentas capazes de predizer estruturas proteicas e auxiliar na identificação de potenciais alvos farmacológicos. Entre essas abordagens, destacam-se a modelagem estrutural, a genômica subtrativa e o docking molecular, que permitem investigar interações entre proteínas e ligantes e otimizar a prospecção de novos fármacos.

Objetivo

Avaliar a contribuição da genômica subtrativa, da predição estrutural de proteínas e do docking molecular na identificação e caracterização de potenciais alvos farmacológicos.

Método

Foi realizada uma revisão sistemática nas bases SciELO, LILACS, Embase, PubMed, Web of Science e Cochrane, utilizando os termos “docking”, “molecular docking” e “subtractive genomics”, em português, inglês e espanhol. Foram identificados 5.430 artigos. Após aplicação dos critérios de inclusão e exclusão e triagem com auxílio da plataforma Rayyan, 88 estudos foram selecionados para análise, dos quais 66 atenderam integralmente aos objetivos da pesquisa.

Resultados e discussão

Todos os 66 estudos analisados utilizaram docking molecular para investigação de potenciais alvos farmacológicos. O AutoDock foi o software mais empregado, com destaque para diferentes versões do AutoDock Vina. Em 55 estudos (83,3%), o docking foi utilizado na investigação de novos fármacos ou tratamentos. A modelagem molecular foi relatada em oito estudos, sendo a modelagem por homologia a abordagem mais frequente. A dinâmica molecular foi empregada em 18 estudos (27,2%), principalmente com o software GROMACS. Quanto às características dos sítios analisados, 32 apresentaram caráter polar, 27 caráter misto e seis caráter apolar. Observou-se ainda baixa frequência de menções específicas à genômica subtrativa, indicando seu potencial de utilização ainda pouco explorado. Limitações relacionadas à descrição incompleta de parâmetros e metodologias foram identificadas em parte dos estudos.

Conclusão

Os resultados demonstram a relevância das abordagens computacionais, especialmente do docking molecular, na prospecção e caracterização de potenciais alvos farmacológicos. A integração dessas ferramentas pode contribuir para maior agilidade e eficiência no desenvolvimento de novos fármacos, embora a genômica subtrativa ainda apresente oportunidades de maior aplicação.

Palavras-chave

• Modelagem proteica
• Desenvolvimento de fármacos
• Bioinformática
• Genômica subtrativa
• Docking molecular